Vandenyno rūgštėjimas - dar viena su klimato kaita susijusi grėsmė, sparčiai kylanti dėl žmogaus veiklos.

Vienos iš pagrindinių šiltnamio dujų, anglies dioksidas, iš atmosferos patenka į vandenyną. Ten jos sudaro rūgštinius junginius ir taip didina vandens rūgštingumą.[1]

Rūgštėjantis vanduo apsunkina įvairių jūrinių organizmų, naudojančių kalcio karbonatą (pavyzdžiui, koralų bei dvigeldžių moliuskų) augimą. Negana to, šis rūgštus vanduo dar ir tirpdo šių organizmų skeletus (koralų atveju [2]) bei kriaukles (dvigeldžių moliuskų atveju [3]). To pasekoje, mažėja šių organizmų populiacijos ir nyksta vienos svarbiausių vandenyno ekosistemų - koraliniai rifai, kurie jau ir taip neigiamai veikiami kylančios vandens temperatūros. [4]